براساس ماده سیزدهم اساسنامه دانشگاه ابن سینا، هیئت امنا به‌عنوان بالاترین مرجع ارزیابی و نظارت بر امور و تصمیم‌های کلان دانشگاه متشکل از شخصیت‌های علمی، فرهنگی، سیاسی و اقتصادی که دارای شهرت نیک باشند و براساس حکم محکمه باصلاحیت محروم از حقوق مدنی نباشند توسط هیئت مؤسسان و شورای علمی انتخاب می‌شوند و دارای صلاحیت‌ها و وظایف به شرح ذیل می‌باشند:‌

۱. نظارت از مطابقت اساسنامه، لوایح و طرز العمل‌های فعالیت در بخش‌های اکادمیک، اداری و عرضۀ خدمات دانشگاه با قوانین نافذه کشور؛ 

۲. تائید خطوط اساسی و سیاست‌گذاری‌های کلان دانشگاه که به تصویب هیئت مؤسسان رسیده باشد؛

۳. استماع گزارش هیئت مؤسسان در مورد نظارت از تطبیق اساسنامه، لوایح و طرزالعمل‌های مختلف دانشگاه؛

۴. تائید انتخاب رئیس دانشگاه که توسط هیئت مؤسسان معرفی شده است؛ 

۵. تائید پلان‌های انکشافی کوتاه‌مدت و درازمدت دانشگاه که به تصویب هیئت مؤسسان رسیده باشد؛ 

۶. تائید ساختار تشکیلاتی، بودجۀ سالانه و برنامه¬های انکشافی کوتاه‌مدت و درازمدت پوهنتون؛

۷. تائید گزارش هیئت مؤسسان از تطبیق بودجه سالانه دانشگاه برمبنای نیازمندی های دانشکده‌ها و سایر شعبات مربوط در بخش‌های عادی و انکشافی؛

۸. تائید گزارش بازرسی دانشگاه؛

۹. تائید معاشات و امتیازات مسئولان و کارمندان پوهنتون/دانشگاه به شمول هیئت مؤسسان؛

۱۰. نظارت از ایجاد و رعایت مکانیزم دقیق، شفاف و مؤثر مالی و حسابی از گردش مالی در دانشگاه؛

۱۱. حل‌وفصل اختلاف میان اعضای هیئت مؤسس.

براساس ماده پانزدهم اساسنامه دانشگاه ابن سینا هیئت مؤسسان که مسئولیت تصویب و تعدیل اساسنامه و لوایح و طرزالعمل‌های دانشگاه و حصول از تطبیق آن‌ها را دارند، می‌توانند ساختار تشکیلاتی، خطوط اساسی و سیاست‌های کلان دانشگاه را تعیین کنند، رئیس دانشگاه را انتخاب و به هیئت امنا معرفی کنند، معاونان معرفی شده از سوی ریاست را تائید کنند و گزارش رئیس دانشگاه را ارزیابی، رد و یا تائید کنند. اعضای هیئت مؤسسان  دانشگاه ابن سینا از این قرار است.

شورای علمی متشکل از رئیس، معاونان، رؤسای دانشکده‌ها، ریاست تحصیلات تکمیلی و سه نفر از اعضای کدر علمی به‌به انتخاب شورای علمی دانشگاه می‌باشد. این شورا به‌عنوان تنها مرجع تعیین سیاست‌ها و پالیسی‌های علمی دانشگاه، می‌تواند در زمینه تقرر، استخدام، ترفیعات علمی، تقاعد و انفکاک کادر علمی دانشگاه تصمیم‌ بگیرد. همچنین شورای علمی می‌تواند در مورد عقد، تمدید یا لغو قراردادهای آموزشی و تحقیقاتی و یا پرونده‌های آموزشی محصلان ارزیابی و فیصله نهایی داشته باشند.

کمیته‌های دانشگاه که براساس معیارهای وزارت تحصیلات عالی افغانستان و اسناد و لوایح داخلی دانشگاه تشکیل‌شده است و برای انجام امور خاص و ویژه تشکیل‌شده است عبارتند از:‌

1. کمیته تضمین کیفیت تحت نظر معاونت علمی تدریسی
2. کمیته تحقیق تحت نظر معاونت تحقیقات علمی
3. کمیته اداری مالی تحت نظر معاونت اداری مالی
4. کمیته نظم و دیسپلین تحت نظر رئیس دانشکده حقوق
5. کمیته پلان تحت نظر رئیس دانشکده علوم سیاسی
6. کمیته نصاب تحت نظر رئیس دانشکده اقتصاد
7. کمیته امتحانات تحت نظر رئیس دانشکده علوم اجتماعی
8. کمیته آموزش الکترونیکی تحت نظر ریاست دانشکده کامپیوتر ساینس
9. کمیته ارزیابی تحت معاونت اداری مالی