دانشگاه ابن سینا به‌موجب حکم ماده 46 قانون اساسی و طبق مقرره تأسیس مؤسسات تحصیلات عالی خصوصی وزارت تحصیلات عالی و در چارچوب سایر لوایح و مقررات این وزارتخانه، در سال 1389 به‌عنوان نخستین نهاد تحصیلات عالی غیرانتفاعی داخلی، به نام مؤسسه تحصیلات عالی ابن سینا جواز فعالیت دریافت کرد و در سال 1393 با مجوز رسمی وزارت تحصیلات عالی به دانشگاه ارتقا پیدا کرد. در مرحله اول، مجوز چهار دانشکده و رشته¬هایی چون اقتصاد تجارتی، مدیریت بانکی و امور مالی، حقوق عامه و خصوصی و حقوق جزا و علوم جنایی، روابط بین-الملل، اندیشه سیاسی، جامعه‌شناسی، ژورنالیزم، فلسفه، و مترجمی زبان انگلیسی (در مجموع 10 رشته علمی) در سطح لیسانس اخذ شد. بعد از تأسیس دانشگاه، به تدریج دانشکده انجنیری با چهار دیپارتمنت «انجنیری سیول، زمین‌شناسی و معدن، مهندسی (آرشیتکت) و انجنیری محیط زیست» و دانشکده کمپیوتر ساینس با دو رشته «مهندسی سافت ویر» و «تکنولوژی معلوماتی» نیز به واحدهای علمی دانشگاه افزوده شد.
نخستین شعبه ولایتی دانشگاه ابن سینا، در سال 1391 در مزار شریف شروع به کارکرد. این شعبه دارای سه دانشکده حقوق و علوم سیاسی (دیپارتمنت حقوق و روابط بین‌الملل)، علوم اجتماعی (دیپارتمنت اقتصاد) و کمپیوتر ساینس است. شعبه مزار شریف نیز مجهز به کتابخانه، کامپیوتر لب و کادر علمی مستقل است.
دانشگاه ابن سینا در سال 1392 موفق به اخذ مجوز مقطع ماستری روابط بین‌الملل و در سال 1393 موفق به اخذ جواز ماستری در رشته‌های «حقوق جزا و علوم جنایی» و «حقوق خصوصی» گردید. همچنین دانشگاه براساس پلان‌های آینده خویش، درصدد است با برخورداری از کدر علمی باکیفیت و با احراز سایر شرایط، ، مجوز ماستری مدیریت دولتی، علوم اقتصادی و کمپیوتر ساینس را نیز به زودترین فرصت ممکن اخذ نماید.
ازآنجایی‌که که دانشگاه ابن سینا یک نهاد آموزشی غیرانتفاعی است، مؤسسان از آن سود نمی‌برند، بلکه تمام عواید آن به خود دانشگاه به‌عنوان یک مؤسسه تعلق دارد و برای توسعه و انکشاف آن به مصرف می‌رسد. بر همین اساس، این دانشگاه دارای سیستم شفاف اداری – مالی و حسابدهی در همه زمینه‌ها است که زیر نظر هیئت مؤسسان و هیئت امنا تمام درآمد آن صرفا در امور توسعه و بهبود دانشگاه به مصرف می‌رسد و اعضای هیئت مؤسسان دانشگاه هیچ منفعت مادی در آن ندارند.