دانشگاه ابن سینا با دانشگاه‌ها، نهادهای علمی و بین‌المللی ذیل تفاهم‌نامه همکاری دارد:‌

1. دانشگاه الفارابی قزاقستان
2. دانشگاه فاتح ترکیه
3. دانشگاه کابل
4. دانشکدگان پردیس فارابی دانشگاه تهران
5. دانشگاه صنعتی شریف
6. دانشگاه سلمیان شاه ترکیه
7. دانشگاه الزهرا ایران
8. دانشگاه بیرجند ایران
9. دانشگاه تالین کشور ایستونیا
10. دانشگاه سیستان و بلوچستان ایران
11. انستیتوت کنفوسیوس در دانشگاه کابل
12. مرکز مطالعات اسلامی مالزی